为提高研究生培养质量，全国自2006年启动研究生培养机制改革试点，到2007年扩大到10余所。教育部明确，明年进入研究生培养模式改革的只有设置研究生院的高校，并非所有招收研究生的高校，设置研究生院的科研院所也不在其列。
在京高校中，北大率先对研究生培养机制进行了改革。此后，清华、人大、北京林业大学等校也相继宣布从2008年开始进行研究生培养模式改革。中国农业大学有关负责人表示，实行研究生培养模式改革后，将不再区分计划内非定向、计划内定向、自筹经费培养研究生差别，取而代之的是奖学金和助学金制度；北京科技大学将每年提供300余个研究生助教、助管工作。
研究生培养模式改革并不只是单纯的收费改革，而将以完善科学研究为主导的导师负责制和资助制为核心，增加对研究生的奖助，强化导师的责任，突出强调导师应该在研究活动中培养应用型人才。
十一所高校名单
北京大学清华大学，中国人民大学，北京林业大学，中国农业大学，北京理工大学，北京邮电大学，北京科技大学，北京交通大学，北京师范大学，北京航空航天大学
