办法规定，学校应组织所有入学新生进行健康体检，建立健康档案。在校学生每年进行一次常规健康体检。体检主要有内科常规检查、口腔科检查、外科检查、形体指标检查、生理功能指标检查等。结核菌素试验为小学、初中入学新生必检项目。
同时，体检机构应分别向学生(家长)、学校和当地教育行政部门反馈健康体检结果和健康评价结果。学校和教育行政部门应根据体检结果制定促进学生健康的措施。
卫生部表示，义务教育阶段，学生健康体检的费用由学校公用经费开支，经费拨付办法由省级教育、财政部门共同制定。义务教育阶段的学生健康体检具体费用标准由省级相关部门根据当地教育、卫生状况和经济发展水平确定。
